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3.B【解析】溶酶体内含有多种水解酶，能够分解多种物质以及衰老、损伤的细胞器，但合成水解酶的场所是核糖体，A错误；导致细胞形态、结构和功能发生变化的原因不一定是细胞分化，也可能是细胞癌变、细胞衰老，C错误；线粒体内膜的某些部位向内折叠成嵴，这一结构有利于酶的附着，催化还原性氢与氧结合生成水，D错误。故选B。

5.D【解析】豌豆是严格的自花传粉、闭花受粉植物，在自然条件下保持纯种状态，所以豌豆应该在花粉未成熟的花蕾期完成去雄，A错误；孟德尔利用假说-演绎法解释了豌豆杂交实验中的现象，之后人们证明孟德尔所指的遗传因子就是基因，所以孟德尔在提出假说时尚未知晓染色体的存在，B错误：基因分离定律的细胞学基础是减数第一次分裂时同源染色体的分离，C错误；F,减数分裂产生配子出现1：1分离比、F自交后代出现3：1的性状分离比，都能说明一对相对性状的遗传遵循分离定律，D正确。